Pada 2 Oktober 1965, operasi berlanjut ke kawasan Halim Perdanakusuma, tempat pasukan G30S mengundurkan diri dari kawasan Monas Kawasan. Pada tanggal yang sama atas petunjuk Polisi Sukitman yang berhasil lolos dari penculikan PKI, pasukan pemerintah menemukan lokasi jenazah para perwira di lubang sumur tua yang disebut Lubang Buaya.

Pada 4 Oktober 1965, dilakukan pengangkatan jenazah tersebut dan keesokan harinya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata Jakarta. Para perwira yang gugur akibat pemberontakan ini diberi penghargaan sebagai Pahlawan Revolusi.

3. Peristiwa Pemberontakan: Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI)

Uraian Singkat Menumpas Pemberontakan:

Pemerintah melakukan operasi militer gabungan yang bernama Operasi Merdeka dipimpin oleh Letnan Kolonel Rukminto Hendraningrat. Operasi menumpas Permesta ini sangat kuat karena musuh memiliki persenjataan modern buatan Amerika Serikat terbukti dengan ditembaknya Pesawat Angkatan Udara Revolusioner (AUREV) yang dikemudikan oleh seorang warga negara Amerika Serikat.

Pesawat itu ditembak pada tanggal 18 Mei 1958 di atas kota Ambon. Pada bulan Agustus 1958, pemberontakan Permesta baru dapat ditumpas. Kemudian pada tahun 1961, pemerintah membuka kesempatan kepada sisa-sisa pendukung Permesta untuk kembali ke Republik Indonesia.

4. Peristiwa Pemberontakan: Republik Maluku Selatan (RMS)

Uraian Singkat Menumpas Pemberontakan:

Setelah pemerintah membentuk sebuah operasi militer, penumpasan pemberontakan RMS pun akhirnya dilakukan pada tanggal 14 Juli 1950, dan pada tanggal 15 Juli 1950, pemerintahan RMS mengumumkan bahwa Negara Republik Maluku Selatan sedang dalam bahaya.

Pada tanggal 28 September, pasukan militer yang diutus untuk menumpas pemberontakan menyerbu ke daerah Ambon, dan pada tanggal 3 November 1950, seluruh wilayah Ambon dapat dikuasai termasuk benteng Nieuw Victoria yang akhirnya juga berhasil dikuasai oleh pasukan militer tersebut.

Dengan jatuhnya pasukan RMS yang berada di daerah Ambon, maka hal ini membuat perlawanan yang dilakukan oleh pasukan RMS dapat ditaklukan.

Pada tanggal 4 sampai 5 Desember, melalui selat Haruku dan Saparua, pusat pemerintahan RMS beserta Angkatan Perang RMS berpindah ke Pulau Seram.

Pada tahun 1952, J.H Munhutu yang tadinya menjabat sebagai presiden RMS tertangkap di pulau Seram, Sementara itu sebagian pimpinan RMS lainnya melarikan diri ke Negara Belanda.

5. Peristiwa Pemberontakan: Gerakan Aceh Merdeka (GAM)

Uraian Singkat Menumpas Pemberontakan:

Pada 26 Desember 2004, bencana gempa bumi dan tsunami besar menimpa Aceh.

Kejadian ini memaksa para pihak yang bertikai untuk kembali ke meja perundingan atas inisiasi dan mediasi oleh pihak internasional. Selanjutnya, tanggal 27 Februari 2005, pihak GAM dan pemerintah RI memulai tahap perundingan di Vantaa, Finlandia.