Beberapa penyebab utamanya: 

1. Curah hujan tinggi & siklus banjir 

Jawa Tengah, DIY, dan Jawa Timur sering mengalami hujan lebat yang memicu banjir dan genangan air, kondisi ideal bagi bakteri Leptospira bertahan hidup. 

2. Kepadatan penduduk tinggi 

Banyak permukiman padat dekat sungai atau daerah rawan banjir, sehingga risiko kontak dengan air atau lumpur tercemar urine tikus lebih besar. 

3. Populasi tikus yang tinggi 

Daerah pertanian (padi, tebu, jagung) di Jawa menjadi habitat ideal tikus sawah, yang merupakan pembawa utama bakteri leptospira. 

4. Sistem sanitasi yang belum merata 

Di beberapa wilayah, saluran air dan pengelolaan limbah belum optimal, membuat kontaminasi air lebih mudah terjadi. 

5. Mobilitas dan aktivitas luar ruang 

Petani, pekerja proyek, dan warga yang sering beraktivitas di area banjir atau lahan basah memiliki risiko paparan lebih tinggi. 

Kepala Biro Komunikasi dan Informasi Publik Kemenkes RI, Aji Muhawarman mengatakan, merujuk data pola kenaikan kasus leptospirosis ini dipengaruhi oleh pola musim hujan. 

Dari tahun ke tahun atau pada 2023, 2024 atau 2025 kenaikan kasus leptospirosis terjadi pada bulan yag diguyur hujan seperti Januari - Maret. 

"Pada 3 tahun terakhir, kasus leptospirosis selau terjadi kenaikan di musim penghujan. Ini menjadi kewaspadaan juga," kata dia saat dihubungi Tribunnews.com, Senin (11/8/2025). 

Selain hujan, faktor utama penyebaran penyakit zoonis ini adalah banjir.