Kisah berawal dari cerita mengenai masa kecil Erik Lensherr (Michael Fassbender) yang menderita karena kematian ibunya.

Ibunya meninggal karena Erik tak mampu menunjukkan bakat spesialnya yang dapat mengontrol besi pada seorang ilmuwan kejam, Sebastian Shaw.

Sementara itu, Charles Xavier (James McAvoy) yang saat itu masih berusia sangat muda berjumpa dengan Raven di dapur rumahnya.

Raven awalnya menyamar sebagai ibu Charles, namun segera ketahuan karena kemampuan Charles yang dapat membaca pikiran.

Raven pun kemudian diangkat menjadi adik Charles dan mereka berdua hidup sebagai saudara.

Beberapa tahun kemudian, Erik Lensherr dan Charles Xavier telah tumbuh menjadi pria dewasa.

Keduanya masih menjalani kehidupan yang berbeda, di mana Erik yang tumbuh sebagai pemuda penuh amarah mulai mencari keberadaan Shaw, yang telah membunuh ibunya dan memaksa dirinya untuk mengembangkan kemampuannya.

Baca: Sinopsis 100 Days My Prince TransTV Episode 2 Hari Ini: Percobaan Pembunuhan Putra Mahkota

Baca: Marvel Rilis Sinopsis Singkat Film Avengers: Endgame

Sementara itu, Charles dikisahkan baru saja lulus dari Oxford University, Inggris, dengan skripsinya tentang mutan.

Pada saat yang bersamaan di Las Vegas, Nevada, seorang agen CIA, Moira MacTaggart, sedang berada di dalam tugas untuk mengikuti Kolonel Hendry di Hellfire Club.

Di sana, MacTaggart menemukan bahwa Hendry bertemu dengan Shaw, Emma Frost, Riptide dan Azazel.

Shaw sedang meyakinkan Hendry untuk mendukung rencana pemerintah Amerika Serikat yang akan menempatkan misil nuklir di Turki.

Hal ini ternyata dilakukannya untuk memicu perang nuklir antara Amerika Serikat dan Uni Soviet, sehingga semua manusia normal akan hilang dari muka bumi.

Erik dan Charles muda pun akhirnya dipertemukan saat Charles dan MacTaggart hendak mencari lokasi dari Shaw, namun tak sengaja bertemu dengan Erik yang sedang berusaha untuk melawan Shaw di dalam kapalnya.

Erik kemudian diselamatkan oleh Charles dan yang lainnya, kemudian dibawa pergi.