Unit ini kemudian dieliminasi dalam serangan udara militer dengan Duke sebagai salah satu korban.

Satu-satunya yang selamat adalah spesialis artileri Roadblock, penembak jitu Flint, dan perwira kontra intelijen Lady Jaye.

Sementara itu, Storm Shadow dan Firefly menyelamatkan Cobra Commander dari penjara bawah tanah dengan keamanan maksimum di Jerman.

Mereka meninggalkan Destro sebagai hukuman atas kegagalannya dalam film sebelumnya.

Storm Shadow terluka selama pelarian dan mundur ke sebuah kuil di Himalaya untuk pulih.

Setelah mengetahui dia masih hidup, Master Buta, pemimpin Klan Arashikage, mengirim Snake Eyes dan muridnya Jinx , sepupu Storm Shadow.

Tujuannya untuk menangkap Storm Shadow sehingga dia dapat menjawab atas pembunuhan pamannya, Hard Master.

Roadblock, Flint, dan Lady Jaye kembali ke Amerika Serikat di mana mereka mendirikan basis operasi di gym yang sudah tidak beroperasi.

Setelah Zartan mengumumkan bahwa Cobra akan menggantikan Joes sebagai unit pasukan khusus utama AS.

Lady Jaye menyimpulkan, seseorang meniru Presiden.

Baca: Konsep Brilian Film Horor Jangan Sendirian Menjanjikan Ketegangan dari Menit Awal

Baca: Bukan Bruce Lee, Ternyata Aktor Kelahiran Indonesia yang Jadi Bintang Film Kungfu Pertama Hollywood

Roadblock membawa mereka ke Jenderal Joseph Colton, yang menyediakan senjata, dan membantu mereka menyusup ke acara penggalangan dana yang Presiden akan hadir.

Lady Jaye mencuri sampel DNA Presiden dan menegaskan bahwa dia adalah Zartan.

Mereka melarikan diri setelah konfrontasi dengan Firefly dan Zandar ( Matt Gerald ), kepala Detail Presiden Secret Service AS dan anggota Cobra.

Snake Eyes dan Jinx menemukan dan menangkap Storm Shadow setelah pertempuran dengan ninja dan membawanya ke Jepang.