Film ini merupakan sekuel dari film sebelumnya yaitu Men in Black yang sudah rilis pada 1997.

Men in Black 2 ini menceritakan tentang agen J yang dikirim untuk menemukan Agen K.

Misinya adalah mengembalikan ingatan Agen K setelah kemunculan kasus lama dari masa lalunya.

Bermula dari sosok Sarleena (Lara Flynn Boyle), alien yang hidup di Planet Kloythian dan berambisi untuk menjadi alien terkuat di alam semesta.

Agar menjadi alien terkuat, ia harus mendapatkan Light of Zartha yang memiliki kekuatan dahsyat.

Ia terus mencari, hingga menemukan benda tersebut diketahui berada di Planet Bumi.

Sarleena pun menuju Bumi menggunakan pesawatnya untuk mendapatkan yang ia inginkan.

Ketika di Bumi, ternyata ukuran Sarleena dan pesawatnya sangat kecil, berbeda dari ukuran normal sebelumnya.

Hal ini menggagalkan ekspektasi dan keinginan Sarleena tentang makhluk Bumi.

Saat ia melihat majalah, Sarleena pun menggunakan kekuatannya untuk mengubah wujudnya menjadi seorang model dalam majalah yang dilihatnya.

Dengan penyamarannya, tidak ada yang mencurigai Sarleena adalah alien.

Sarleena kemudian melanjutkan tujuan utamanya, yaitu mencari Light of Zartha.

Sarleena selanjutnya mengunjungi sebuah toko makanan kedai pizza yang dijaga oleh alien yang menyamar sebagai manusia.

Makhluk alien itu memberi tahu letak Light of Zartha dan Sarleena justru membunuhnya.