Niobe, kapten dari kapal Zion, melaporkan mesin telah mulai mengebor ke arah kota Zion.

Sementara itu, Neo kabur setelah bertarung dengan agen yang mencegahnya pergi.

Neo terbang mengunjungi Oracle melalui Chinatown.

Malaikat bernama Seraph menyerangnya di seluruh kuil untuk memastikan Neo adalah "The One" yang dapat bertemu Oracle.

Akhirnya Neo memenangkan pertarungan dan ia berkesempatan bertemu Oracle.

Neo mulai menyadari wujud Seraph dan Oracle bukanlah manusia, tetapi bagian dari program mesin yang membentuk Matrix.

Oracle lalu menjelaskan program anomali lebih banyak.

Segala sesuatu di Matrix adalah sebuah program, tetapi yang terlihat adalah yang tidak berfungsi.

Ketika sebuah program menghadapi penghapusan, ia dapat menyembunyikan dirinya sendiri atau kembali ke Source, mainframe mesin.

Neo harus memahami apapun yang ia pilih dalam keputusannya.

Oracle mengatakan, Neo harus menemui Pembuat Kunci (Keymaker) untuk menyelamatkan kota Zion.

Agen Smith sampai di lokasi Neo setelah Oracle pergi.

Smith menangkap Neo seperti tujuannya yang digambarkan dalam film The Matrix (1999).

Namun, Smith kali ini mejadi lebih kuat dan dapat menggandakan dirinya ketika mengejar Neo.