Kota ini sudah terkenal sejak zaman penjajahan dahulu karena cengkeh dan pala. Tercatat  Kesultanan Tidore adalah kerajaan Islam yang berpusat di wilayah Kota Tidore, Maluku Utara, Indonesia sekarang.

Pada masa kejayaannya (sekitar abad ke-16 sampai abad ke-18), kerajaan ini menguasai sebagian besar Pulau Halmahera selatan, Pulau Buru, Pulau Seram, dan banyak pulau-pulau di pesisir Papua barat.

Pada tahun 1521, Sultan Mansur dari Tidore menerima Spanyol sebagai sekutu untuk mengimbangi kekuatan Kesultanan Ternate saingannya yang bersekutu dengan Portugal. Setelah mundurnya Spanyol dari wilayah tersebut pada tahun 1663 karena protes dari pihak Portugal sebagai pelanggaran terhadap Perjanjian Tordesillas 1494.

Tidore menjadi salah kerajaan paling merdeka di wilayah Maluku. Terutama di bawah kepemimpinan Sultan Saifuddin (memerintah 1657-1689), Tidore berhasil menolak pengusaan VOC terhadap wilayahnya dan tetap menjadi daerah merdeka hingga akhir abad ke-18.

Bangsa Eropa pertama yang menginjakkan kakinya di Tidore adalah pelaut dari Spanyol yang sampai ke Tidore tahun 1512.

Kota ini juga sempat menjadi ibukota provinsi perjuangan Irian Barat. Gubernur pertamanya adalah Zainal Abidin Syah yang juga Sultan Tidore.

Setelah Papua masuk ke wilayah Republik Indonesia, statusnya berubah menjadi ibukota daerah administratif Halmahera tengah dengan ibukota Soa Sio Tidore. Tahun 1990, status daerah administratif berubah menjadi kabupaten Halmahera Tengah.

Pada tahun 2003, Tidore menjadi kota dengan nomenklaturnya Kota Tidore Kepulauan, dengan penjabat wali kota pertama adalah Drs. M. Nur Djauhari dan penjabat wali kota kedua adalah Drs. Mahmud Adrias. (KOMPAS TV/Herwanto)