Akan tetapi pada masa reformasi yaitu tahun 1998, Sempati Air berhenti beroperasi.
Baca juga: Pelita Air Disiapkan untuk Gantikan Garuda Indonesia, Berikut Profil PAS Hingga Wejangan KPK
4. Star Air
Didirikan oleh Ale Sugiarti pada 2000, Star Air sempat beroperasi melayani penumpang selama 5 tahun hingga 2005.
5. Lintas Nusantara atau Linus Airways
Linus Air mulai beroperasi pada Februari 2008 dan berhenti terbang pada April 2008. Maskapai ini didirikan oleh pengusaha Julius Indra.
6. Adam Air
Adam Air didirikan oleh pengusaha Sandra Ang dan politisi Agung Laksono, mulai beroperasi pada 19 Desember 2003, namun akhirnya berhenti beroperasi pada 18 Maret 2008.
7. Awair
Awair didirikan oleh sejumlah pengusaha dan KH Abdurrahman Wahid yang menjadi Presiden RI saat itu. Namun kehadiran maskapai ini tidak berlangsung lama, Awair terbang pada 2000 dan berhenti beroperasi pada 2001.
8. Indonesia Airlines
Indonesia Airlines beroperasi pada 2001 dan berhenti terbang pada 2003.
9. Mandala Airlines
Mandala didirikan oleh sejumlah perwira TNI dan pengusaha, mulai terbang pada April 2001, kememilikan Mandala sempat beralih ke Cardig lalu ke Saratoga dan Tiger Air, namun maskapai ini akhirnya berhenti beroperasi pada 2012.
10. Jatayu Airlines