Sebelumnya bandar udara ini bernama Lapangan Terbang Cililitan.
Runway bandara ini merupakan salah satu infrastruktur peninggalan Kolonial Belanda.
Dikutip dari laman resmi Angkasa Pura II, sebelum dibangun bandara oleh Belanda, pada abad ke-17, daerah Cililitan merupakan sebuah tanah partikelir yang dimiliki oleh Pieter van der Velde.
Tanah tersebut dinamakan Tandjoeng Ost.
Kemudian sekitar tahun 1924, sebagian tanah tersebut dijadikan sebuah lapangan terbang pertama di kota Batavia.
Lapangan terbang tesebut dinamakan Vliegveld Tjililitan (Lapangan Terbang Tjililitan).
Pada tahun yang sama, lapangan terbang ini menerima kedatangan pesawat dari Amsterdam yang kemudian menjadi penerbangan internasional pertama di Hindia Belanda.
Bandara Halim Perdanakusuma beroperasi sementara menjadi bandara komersial mulai tanggal 10 Januari 2014 untuk mengalihkan penerbangan dari Bandar Udara Internasional Soekarno–Hatta yang dinilai telah penuh sesak.