Lalu, pada masa Presiden Abdurrahman Wahid, Luhut ditarik dari Singapura sebelum masa baktinya berakhir.

Gus Dur mempercayakannya sebagai Menteri Perdagangan dan Industri Republik Indonesia walau dalam periode yang singkat (2000-2001), sesingkat usia pemerintahan Gus Dur.

Presiden di era pemerintahan selanjutnya pun bermaksud untuk mempercayakannya kembali sebagai Menteri, tetapi Luhut menolaknya karena ia menjaga etika terhadap Gus Dur.

Jabatan Pemerintahan Luhut Binsar Pandjaitan

• Duta Besar RI Berkuasa Penuh Untuk Singapura (1999-2000)

• Menteri Perindustrian dan Perdagangan RI pada Kabinet Persatuan Nasional (2000-2001)

• Pangkat Jenderal TNI (1999)

• Kepala Staf Kepresidenan RI (2014-2015)

• Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, Dan Keamanan RI (2015-2016)

• Menteri Koordinator Bidang Kemaritiman (2016-2019)

• Menteri Koordinator Bidang Kemaritiman dan Investasi Kabinet Indonesia Maju (2019-2024)