Kwik kemudian dipercaya menjadi Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional & Ketua Bappenas periode 2001-2004. 

Kwik juga pernah menjadi Kepala Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN). Di dunia pendidikan, Kwik merupakan pendiri Institut Bisnis Indonesia (IBI) yang kini telah bernama Institut Bisnis dan Informatika Kwik Kian Gie (Kwik Kian Gie School of Business) di Jakarta Timur.

Perguruan tinggi ini dia dirikan bersama Djoenaedi Joesoef dan Kaharuddin Ongko di 1987.

Kwik Kian Gie adalah penulis buku Analisis Ekonomi Politik Indonesia yang diterbitkan Gramedia tahun 1995 dan penulis Kebijakan Ekonomi Politik dan Hilangnya Nalar yang diterbitkan Penerbit Buku Kompas.