Sebelumnya, Tokyo sejak tahun 1868 merupakan ibu kota kekaisaran (teito).
Istilah "ibu kota" baru dikenal secara luas setelah ditetapkan Undang-undang Pembangunan Ibu Kota (Shuto kensetsu-hō) tahun 1950 yang tidak berlaku lagi setelah dikeluarkannya Undang-undang Konsolidasi Daerah Metropolitan (Shutoken seibi-hō) tahun 1959.
Hingga kini, kedudukan Tokyo sebagai ibu kota Jepang tidak memiliki dasar hukum yang sah.
Namun pada praktiknya, Tokyo diperlakukan sebagai ibu kota Jepang dalam penulisan hukum dan undang-undang.
Tokyo diperlakukan secara de facto sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo.
Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.