Pada awal 1998, serangan KLA yang menargetkan otoritas Yugoslavia di Kosovo menghasilkan peningkatan kehadiran paramiliter Serbia dan pasukan regular.
Kelompok ini kemudian mulai melakukan kampanye pembalasan yang menargetkan simpatisan dan lawan politik KLA.
Kampanye ini menewaskan 1.500 hingga 2.000 warga sipil dan kombatan KLA , dan mengungsikan 370.000 orang Albania Kosovo pada Maret 1999.
Pada 20 Maret 1999, pasukan Yugoslavia memulai kampanye besar-besaran penindasan dan pengusiran orang-orang Albania Kosovo menyusul penarikan Misi Verifikasi Kosovo OSCE (KVM) dan kegagalan Perjanjian Rambouillet yang diusulkan.
Menanggapi hal ini, NATO melakukan intervensi dengan kampanye pemboman udara yang dimulai pada 24 Maret, membenarkannya sebagai "perang kemanusiaan".
Perang berakhir dengan Perjanjian Kumanovo, yang ditandatangani pada 9 Juni, dengan pasukan Yugoslavia dan Serbia setuju mundur dari Kosovo untuk membuka jalan bagi kehadiran internasional.
Intervensi Pasukan NATO
Pasukan NATO memasuki Kosovo pada 12 Juni. Kampanye pengeboman NATO kontroversial karena tidak mendapatkan persetujuan Dewan Keamanan PBB.
Serangan udara itu menyebabkan setidaknya 488 kematian warga sipil Yugoslavia, termasuk sejumlah besar pengungsi Kosovar.
Pada 2001, Mahkamah Agung yang dipimpin PBB, yang berbasis di Kosovo, menemukan telah terjadi kampanye teror yang sistematis, termasuk pembunuhan, pemerkosaan, pembakaran, dan penganiayaan berat di Kosovo.
Pasukan Yugoslavia dituduh berusaha membasmi penduduk Albania. Setelah perang, sebuah daftar disusun yang mendokumentasikan lebih dari 13.500 orang tewas atau hilang selama dua tahun konflik.
Pasukan Yugoslavia dan Serbia menyebabkan perpindahan antara 1,2 juta[68] hingga 1,45 juta orang Albania Kosovo.
Setelah perang, sekitar 200.000 orang Serbia, Rumania, dan orang non-Albania lainnya melarikan diri dari Kosovo dan banyak dari warga sipil yang tersisa menjadi korban pelecehan.
Tentara Pembebasan Kosovo dibubarkan segera setelah perang berakhir, dengan beberapa anggotanya berjuang untuk UÇPMB di Lembah Preševo.