Ia memperoleh gelar Profesor Riset BPPT pada tahun 1995.
Beragam penugasan di Pemerintahan pernah dijalaninya, diantaranya sebagai Deputi Teknologi Pengembangan Sumberdaya Alam BPPT (1996-1999).
Kemudian Dirjen Riset & Eksplorasi Laut KKP (1999–2000), Kepala Badan Riset Kelautan dan Perikanan KKP (2001–2008) dan Sekretaris Kementerian Koordinator Kesejahteraan Rakyat (2008–2012).
Di Badan Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB), ia pernah menjabat Direktur Sumberdaya Perikanan dan Akuakultur, Food & Agriculture Organization (FAO) di Roma-Italia (2012-2014) sebelum dipanggil pulang Presiden Jokowi untuk membentuk kementerian baru, yaitu Kementerian Koordinator Kemaritiman.
17 Bintang Jasa dan Penghargaan telah diperoleh Indroyono Soesilo dari Indonesia, USA, Canada, Jepang, Perancis, Jerman, Thailand dan ASEAN.
Di antaranya Bintang Mahaputera Pratama RI, Bintang Jasa Utama RI, Sigma XI Scientific Honor Society-USA, Fulbright Scholar Award-USA, Honorary Fellow ASEAN Federation of Engineers Organization.
Kemudian Penghargaan Adhicipta Rekayasa Persatuan Insinyur Indonesia, Penghargaan Ganesha Prajamanggala Bhakti Utama dari ITB, Penghargaan Perekayasa Utama Kehormatan BPPT dan Penghargaan Sarwono Prawirohardjo LIPI.