Untuk mendukung KSPN, sebanyak 12 pelabuhan penyeberangan yang ada di kawasan Danau Toba akan dikembangkan di antaranya Pelabuhan Balige, Muara, Ambarita, Ajibata, Simanindo, Tigaras, Sipinggan, Onanrunggu, Onanbaru, Neinggolan, Pakkara, dan Marbuntoruan.
Selain itu, pemerintah membangun lima kapal besar untuk melayani angkutan penyeberangan di Danau Toba.
Baca: Kiara Prediksi 3.000 Barel Minyak Mentah Pertamina Tumpah dan Cemari Laut Jawa
Baca: Pertama Kali ke Korea Selatan? Simak Panduan Transportasi dari Bandara Incheon ke Seoul
Baca: Tokoh oposisi Rusia, pegiat anti kampanye di akar rumput, Alexei Navalny mungkin diracun di penjara
Satu diantaranya yaitu Kapal Motor Ihan Batak sudah siap digunakan setelah dua tahun proses pembangunan.
Meskipun akan membangun kapal besar, pemerintah akan tetap memperhatikan kapal-kapal kecil milik masyarakat.
Pengembangan sarana dan prasarana transportasi di Danau Toba sudah siap pada 2020.
Dari 12 pelabuhan yang dibangun, satu pelabuhan akan selesai tahun 2019, enam pelabuhan selesai tahun 2020, satu pelabuhan lanjutan, dan empat pembangunan baru.
Sedangkan untuk pengadaan kapal yaitu satu Kapal RO RO telah selesai tahun 2018, satu unit Kapal Ro Ro selesai tahun 2019, satu unit Kapal Ro Ro selesai tahun 2020 dan dua unit bus air selesai tahun 2020.
Kemudian, pengadaan fasilitas perlengkapan jalan KSPN Danau Toba tahun 2019-2020 yaitu lingkar dalam Pulau Samosir, Ruas Jalan Kabanjehe-Sidikalang, Ruas Jalan Nasional di Kab. Simalungun dan Ruas Jalan D Merangir- P Siantar - Parapat.
Selanjutnya, penyediaan delapan lintasan angkutan antarmoda dan fasilitas pendukung KSPN Danau Toba Tahun 2019 dan 2020 yaitu, Lintasan Silangit–Ajibata Via Sibisa/Kaldera, Lintasan Silangit–Tarutung.
lalu Lintasan Silangit–Dolok Sanggul, Lintasan Ajibata–P Siantar (Stasiun Kereta Api), Lintasan Teluk Nibung–Ajibata, Pelayanan Shuttle Balige, Pelayanan Shuttle Parapat, dan Pelayanan Shuttle Tapanuli Utara (Huta Ginjang).
Total investasi yang telah dikeluarkan sampai dengan tahun 2020 yaitu sekitar Rp 600 milyar.