Selanjutnya, ia mengikuti pendidikan Polisi Akademi dan bekerja di bagian Purel, Jawatan Kepolisian Negara.
Banyak hal yang dilakukan selama masa kepemimpinan Kapolri Hoegeng Iman Santoso.
Berikut beberapa perubahan yang dilakukan Jenderal Hoegeng:
- Hoegeng melakukan pembenahan beberapa bidang yang menyangkut Struktur Organisasi di tingkat Mabes Polri.
Hasilnya, struktur yang baru terkesan lebih dinamis dan komunikatif.
- Perubahan pada nama pimpinan polisi dan markas besarnya.
Berdasarkan Keppres No.52 Tahun 1969, sebutan Panglima Angkatan Kepolisian RI diubah menjadi Kepala Kepolisian RI (Kapolri).
Dengan begitu, nama Markas Besar Angkatan Kepolisian pun berubah menjadi Markas Besar Kepolisian.
Namun, perubahan itu membawa sejumlah konsekuensi untuk beberapa instansi yang berada di Kapolri.
Misalnya, sebutan Panglima Daerah Kepolisian menjadi Kepala Daerah Kepolisian RI atau Kadapol.
Demikian pula sebutan Seskoak menjadi Seskopol.
Di bawah kepemimpinan Hoegeng, peran serta Polri dalam peta organisasi Polisi Internasional, International Criminal Police Organization (ICPO), semakin aktif, ditandai dengan dibukanya Sekretariat National Central Bureau (NCB) Interpol di Jakarta.
Pada tahun 1950, Hoegeng mengikuti Kursus Orientasi di Provost Marshal General School pada Military Police School Port Gordon, George, AS.
Dari kursus tersebut, tahun 1952 ia menjabat Kepala DPKN Kantor Polisi Jawa Timur di Surabaya.