Baca juga: Laksamana Yudo Margono Jamin Netralitas TNI pada Pemilu 2024
Pada 2006-2028, Yudo Margono dipercaya menjadi Komandan KRI Ahmad Yani-351,
Komandan Lanal Sorong (2008—2010), Komandan Satkat Koarmatim (2010—2011), Komandan Satkor Koarmatim (2011—2012), dan Komandan Kolat Koarmabar (2012—2014).
Selanjutnya ia menjadi Paban II/Opslat Sopsal (2014—2015), Komandan Lantamal I Belawan (2015—2016), Kepala Staf Koarmabar (2016—2017), Pangkolinlamil (2017—2018), Pangkoarmabar (2018), dan Pangkoarmada I (2018—2019).
Karirnya semakin moncer, pada 2019-2020, Yudo Margono dipercaya menjadi Pangkogabwilhan I (2019—2020) hingga akhirnya dipercaya menjadi Kepala Staf Angkatan Laut (KSAL) pada 2020—2022.
Kini, lulusan sarjana dan magister Universitas Krisnadwipayana tersebut akan resmi menjadi Panglima TNI setelah dilantik Presiden Jokowi hari ini.