Ia pernah menjabat sebagai Asisten Teritorial Kepala Staf Divisi Infanteri-1/Kostrad.
Pada tahun 2010 hingga 2012, Letjen Eko dipercaya menjadi pengawal Presiden RI ke-6 Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).
Saat itu, ia menjabat Komandan Grup A Paspampres.
Letjen Eko kemudian menjabat sebagai Asisten Operasi (Asops) Kepala Staf Kodam Jaya di tahun 2012 hingga 2014.
Lalu menjadi Danrem 061/Surya Kencana Kodam III/Siliwangi pada 2014.
Pada tahun 2015 ia ditunjuk sebagai Wakil Asisten Operasi (Waasops) Kepala Staf TNI AD.
Dua tahun menjabat sebagai Waasops Kepala Staf TNI AD sejak 2015 hingga 2017, Eko kemudian dipercaya menjadi Kepala Staf Kodam Jaya.
Setelah menjadi Staf Kodam Jaya, Letjen Eko Margiyono dipercaya menjabat sebagai Danjen Kopassus tahun 2018 hingga 2019.
Dari Danjen Kopassus ia kemudian ditunjuk menjadi Pangdam Jaya tahun pada tahun 2019.
Kemudian pada tahun 2020 hingga 2021, ia diangkat menjadi Panglima Komando Strategis Angkatan Darat (Pangkostrad).
Lalu, ia dilantik menjadi Kepala Staf Umum (Kasum) TNI sejak 25 Mei 2021.
Terbaru, Letjen TNI Eko Margiyono kini kembali dimutasi dan menjadi Dankodiklat TNI.
Penghargaan
Dikutip dari TribunnewsWiki.com, berikut sejumlah prestasi yang diraih Letjen Eko Margiyono: