2. Melalui PT Cubes Consulting, Rafael menerima pendapatan atas jasa operasional perusahaan yang tidak dilaporkan dalam LHKPN sejumlah Rp4.443.302.671
3. Penerimaan dari wajib pajak PT Cahaya Kalbar sejumlah Rp6.000.000.000
4. Penerimaan dari wajib pajak PT Krisna Bali International Cargo, Rafel menerima uang sejumlah Rp2.000.000.000 miliar dari Direktur PT Krisna Group, Anak Agung Ngurah Mahendra.
"Bahwa perbuatan Terdakwa Rafael Alun Trisambodo bersama-sama dengan Ernie Meike Torondek yang menerima gratifikasi berupa uang seluruhnya sebesar Rp16.644.806.137 haruslah dianggap suap karena berhubungan dengan jabatan dan yang berlawanan dengan kewajiban atau tugasnya, yakni berhubungan dengan jabatan Terdakwa sebagai Pegawai Negeri pada Direktorat Pemeriksaan dan Penagihan Direktorat Jenderal Pajak dan berlawanan dengan kewajiban Terdakwa," ungkap jaksa.
Atas perbuatan tersebut, terdakwa Rafael Alun didakwa atas Pasal 12 B jo Pasal 18 Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 20 Tahun 2001 tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi jo Pasal 55 ayat (1) Ke-1 KUHP jo Pasal 64 ayat (1) KUHP.
Selain gratifikasi, Rafael Alun juga didakwa melakukan Tindak Pidana Pencucian Uang (TPPU). Pencucian uang tersebut patut diduga merupakan hasil dari tindak pidana korupsi berkaitan dengan penerimaan gratifikasi.
Modus TPPU itu di antaranya menempatkan modal ke PT Statika Kensa Prima Citra (SKPC) sebesar Rp315.000.000, mentransfer uang sebesar Rp5.152.000.000 ke rekening Agustinus Ranto Prasetyo, menempatkan uang Rp1.175.711.882 yang berasal dari keuntungan usahanya di PT SKPC ke rekening Agustinus Ranto Prasetyo, serta menempatkan 2.098.365 dolar Singapura dan 937.900 dolar AS di Safe Deposit Box (SOB).
Selain itu membayarkan atau membelanjakan harta kekayaan yang di antaranya, pembelian sejumlah tanah dan bangunan di sejumlah daerah, pembelian sejumlah kendraan roda empat dan dua, hingga pembelian sejumlah tas mewah dengan merek ternama.
"Telah melakukan atau turut serta melakukan beberapa perbuatan yang ada hubungannya sedemikian rupa sehingga harus dipandang sebagai perbuatan berlanjut, berupa perbuatan yang menempatkan, mentransfer, mengalihkan, membelanjakan, membayarkan, menghibahkan, menitipkan, membawa ke luar negeri, mengubah bentuk, menukarkan dengan mata uang atau surat berharga atau perbuatan lain atas harta kekayaan. Dengan maksud menyembunyikan atau menyamarkan asal-usul harta kekayaan yang diketahuinya atau patut diduganya merupakan hasil tindak pidana," ujar jaksa.
Atas dugaan tersebut, terdakwa Rafael Alun didakwa atas Pasal 3 Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2010 tentang Pencegahan dan Pemberantasan Tindak Pidana Pencucian Uang jo Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP jo Pasal 64 ayat (1) KUHP.