Cak Imin dicopot dari posisinya lantaran disinyalir menggagas Muktamar Luar Biasa (MLB) untuk menggusur Gus Dur. Namun, Cak Imin kala itu membantahnya.

Cak Imin lantas tak terima atas pencopotannya tersebut karena ia terpilih sebagai Ketum DPP PKB melalui forum Muktamar dan seharusnya pencopotan harus melalui forum yang sama.

Dia lantas menggugat Dewan Syura DPP PKB dan Dewan Tanfidz DPP PKB ke jalur hukum lewat gugatan ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.

Gugatan itu dikabulkan pengadilan dan dikuatkan oleh putusan kasasi dari Mahkamah Agung pada 17 Juli 2008.

PKB kembali bergejolak lantaran Cak Imin menarik Menteri Pembangunan Daerah Tertinggal Saifullah Yusuf dari Kabinet Indonesia Bersatu dan menggantikannya dengan Sekjen PKB saat itu, Lukman Edy.

Gus Dur lantas memberhentikan Lukman Edy dari jabatan sebagai Sekjen PKB dalam rapat pleno DPP PKB dan menggantikannya dengan putrinya, Yenny Wahid.

Baca juga: Cagub Jagoan NasDem untuk Pilgub Jakarta Jatuh ke Ahmad Sahroni, Anies dan Wibi jadi Cadangan?

Konflik internal kemudian mulai meruncing dan makin memanas. Dua pihak yang berseteru sama-sama menggelar Muktamar Luar Biasa (MLB) PKB untuk mendapatkan keabsahan.

PKB pimpinan Gus Dur lebih dulu menggelar MLB di Ponpes Al-Asshriyyah, Parung, Bogor pada 30 April-1 Mei 2008.

Muktamar Luar Biasa kubu PKB Gus Dur ini menghasilkan keputusan Ali Masykur Musa sebagai Ketum menggantikan Cak Imin, Yenny Wahid sebagai Sekjen dan Gus Dur sebagai Ketua Dewan Syuro PKB. 

Selang sehari setelahnya, PKB pimpinan Cak Imin gantian menggelar MLB di Hotel Mercure Ancol, Jakarta.

PKB Muktamar Ancol menghasilkan keputusan Cak Imin tetap sebagai Ketua Umum, Lukman Edy sebagai Sekjen dan KH Aziz Mansyur sebagai Ketua Dewan Syuro PKB.

Konflik ini lantas menghasilkan dualisme kepengurusan PKB, antara kepengurusan Cak Imin dan Ali Masykur Musa sebagai Ketua Umum.

Baca juga: Tak Mau Main-main, Presiden PKS Bakal Turun Gunung Maju Pilgub Jawa Barat

Akhirnya PKB pimpinan Cak Imin mendaftarkan kepengurusan hasil muktamarnya ke Kementerian Hukum dan HAM.

Hingga akhirnya pada 5 September 2008, Menteri Hukum dan HAM saat itu Mohammad Andi Mattalatta menerbitkan surat keputusan yang mengesahkan Kepengurusan DPP PKB periode 2008-2013 di bawah Ketua Umum Cak Imin dan Lukman Edy sebagai Sekjen.

Keputusan Menkumham itu lantas digugat kubu PKB Gus Dur ke PTUN Jakarta. Namun, PTUN dalam putusannya menolak gugatan tersebut.