Ia sempat menduduki posisi sebagai Aster Kasdivif 1/Kostrad (2010), Dan Grup A Paspampres[3] (2010—2012), Asops Kasdam Jaya (2012), dan Danrem 061/Surya Kencana (2012).
Pada tahun 2014, Eko naik pangkat menjadi Brigadir Jenderal atau Brigjen atau jenderal bintang 1.
Saat itu, ia dipercaya menjabat sebagai Danrem 033/Wira Pratama.
Pada 2015, Eko lalu dimutasi sebagai Waasops Kasad.
Setelah itu, ia ditunjuk untuk mengisi kursi jabatan sebagai Kasdam Jaya pada tahun 2017.
Di tahun yang sama, Eko Margiyono diangkat sebagai Gubernur Akmil.
Satu tahun kemudian, ia lalu didapuk menjadi Danjen Kopassus.
Baca juga: Mayjen TNI Anumerta I Gusti Putu Danny Nugraha Karya
Setelah itu, Eko diutus untuk menjabat sebagai Pangdam Jaya pada tahun 2019.
Pada tahun 2020, karier Eko makin meroket karena naik pangkat dari Mayjen menjadi Letjen.
Saat itu, jenderal asal Semarang ini dipercaya menjabat sebagai Pangkostrad.
Kemudian, ia dipercaya menjadi Kasum TNI pada tahun 2021.
Dua tahun kemudian, jenderal bintang 3 ini dimutasi sebagai Dankodiklat TNI.
Barulah di tahun 2023 Letjen Eko Margiyono diangkat menjadi Wagub Lemhannas RI.
Harta kekayaan
Letjen Eko Margiyono tercatat memiliki total harta kekayaan sebesar Rp15,6 miliar.