Setyo juga sempat bertugas di Komisi Pemberantasan Korupsi ( KPK ). Ia tercatat pernah menjabat sebagai Koordinator Supervisi Penindak (Korsupdak) di Deputi Penindakan KPK.
Kemudian, pada tahun 2021, Setyo Budiyanto ditunjuk menjadi Kapolda Nusa Tenggara Timur.
Setahun berselang, Setyo Budiyanto menjabat sebagai Kapolda Sulawesi Utara.
Selanjutnya, Setyo Budiyanto menerima amanah baru sebagai Pati Itwasum Polri.
Dan, sejak 22 Maret 2024 Setyo Budiyanto mengemban amanat sebagai Inspektur Jenderal Kementerian Pertanian RI.