Wilayah yang terdampak proyek ini diantaranya :
Kecamatan Kalasan : Desa Tamanmartani (140 bidang dan luas lahan 82.325 meter persegi), Desa Selomartani (102 bidang, 72.123 meter persegi), Desa Tirtomartani (321 bidang dan luas 219.419 meter persegi), Desa Purwomartani (639 bidang dan luas 445.162 meter persegi).
Kecamatan Prambanan : Desa Bokoharjo (165 bidang dan luas 80.352 meter persegi); Desa Maguwoharjo (245 bidang dan luas 98.581 meter persegi).
Kecamatan Depok : Desa Condongcatur (214 bidang dan luas 119.524 meter persegi) dam Desa Caturtunggal (49 bidang dan luas 31.711 meter persegi).
Kecamatan Ngaglik : Desa Sariharjo (9 bidang dan luas 24.533 meter persegi), Desa Sinduadi (109 bidang dan 55.318 meter persegi), Desa Sendangadi (48 bidang dan luas 41.061 meter persegi).
Kecamatan Mlati : Desa Tlogoadi (181 bidang dengan luas 127.704 meter persegi) dan Desa Tirtoadi (561 bidang dengan luas 311.677 meter persegi).
Kecamatan Gamping : Desa Trihanggo (64 bidang dengan luas 34.580 meter persegi)
Artikel ini telah tayang di Tribunjogja.com dengan judulBerikut Daftar Wilayah yang Terdampak Tol Solo-Yogya-Bawen