Tempo sedikit menurun di babak kedua, PSS Sleman lebih banyak memainkan penguasaan bola.
Sedangkan Borneo FC masih belum menemukan celah untuk mencetak gol.
Borneo memasukkan Mathias Conti menggantikan Lerby untuk mengubah cara bermain mereka.
Kushedya Yudo nyaris menggandakan keunggulan, andai sepakannya tidak membentur Jan Lammers.
Pada 20 menit jelang bubaran, skor masih untuk kemenangan PSS Sleman atas Borneo FC.
Borneo FC menggempur barisan pertahanan PSS Sleman di sisa babak kedua.
Borneo mendapatkan peluang emas di menit 73 melalui sepakan bebas yang berada tepat di depan gawang PSS Sleman.
Namun sayang sepakan Mathias Conti masih melambung dari gawang.
Borneo FC kembali mendapatkan peluang melalui sepakan jarak dekat Dirga Lasut yang masih bisa diamankan Try Goentara.
Pesut Etam harus kehilangang Finky Pasamba usai mendapatkan kartu kuning kedua di laga ini usai melanggar Ricky Kambuaya.
Di injury time babak kedua Kushedya Hari Yudo menggandakan keunggulan PSS Sleman atas Borneo FC.
Skor 0-2 menjadi hasil akhir pertandingan.
Dengan hasil ini, Borneo FC dipastikan tersingkir dari ajang Piala Presiden.
Susunan pemain