Untuk pertama kalinya dalam 16 perempat final piala domestik, Guardiola berakhir sebagai pecundang.
Guardiola tidak mengeluh tentang hasilnya.
"Tim yang lebih baik menang. Kami tidak bermain bagus. Ada banyak pertandingan yang bisa Anda mulai dengan tidak bagus dan mengatasinya tetapi kami tidak melakukannya," katanya dikutip AFP.
"Ketika Anda tidak siap untuk memainkan permainan ini, Anda terlambat satu inci dan tidak mencetak gol. Ketika Anda siap, Anda mencetak gol".
"Hari ini adalah malam yang buruk, lawan lebih baik jadi kami harus memberi selamat kepada mereka. Kami tidak pantas menang."
Tersingkirnya City secara mengejutkan melanjutkan tren mengkhawatirkan dari penampilan yang tidak bersemangat musim ini dalam pertandingan yang diharapkan Guardiola untuk mereka menangkan,
sebuah kegagalan yang membuat sang juara tertinggal lima poin di belakang pemimpin klasemen Arsenal di Liga Premier.
Guardiola akan menuntut tanggapan segera dalam derby penting Liga Premier hari Sabtu melawan Manchester United.
Dia membuat empat perubahan dari kekalahan 4-0 Piala FA hari Minggu dari Chelsea di putaran ketiga,
dengan Kalvin Phillips menjadi starter City pertamanya sejak kepindahannya senilai £42 juta ($51 juta) dari Leeds tahun lalu.
Phillips diberi label kelebihan berat badan oleh Guardiola setelah dia kembali dari tugas Inggris di Piala Dunia dan gelandang itu hampir tidak membuat pemain Spanyol itu menelan kata-katanya dengan tampilan yang sebagian besar tidak dikenal yang diakhiri dengan pergantian pemain setelah 63 menit.
Kegagalan Phillips sesuai dengan penampilan City yang luar biasa lemas, dengan kurangnya ketenangan dan tujuan yang terlihat sejak awal.
Southampton memimpin pada menit ke-23 ketika Lyanco memotong umpan lepas dari Sergio Gomez dan mengirimkan umpan silang mendatar yang disapu pemain internasional Prancis U-21 Mara untuk menjadi gol pertamanya untuk klub.
Lima menit kemudian, pemain internasional Mali Djenepo diizinkan untuk maju tanpa terkendali sebelum melakukan tendangan melengkung dari jarak 30 yard yang luar biasa atas Stefan Ortega, yang tertangkap terlalu jauh dari garisnya.