Budi juga dianggap sebagai aktor yang ingin melemahkan KPK dengan menjerat satu per satu komisionernya. Selain Bambang, Polri juga menyidik Ketua KPK Abraham Samad dan salah satu penyidik KPK Novel Baswedan.

Samad dituduh memalsukan dokumen dan kasusnya ditangani Polda Sulselbar. Sementara itu, kasus Samad di Bareskrim ialah penyalahgunaan wewenang lantaran dituduh bertemu dengan orang yang memiliki perkara.

Adapun kasus yang menjerat Novel merupakan kasus lama yang sempat mencuat tahun 2012. Ia dituduh menganiaya hingga mengakibatkan seorang tersangka meninggal dunia. Saat peristiwa terjadi, Novel menjabat sebagai Kasat Reskrim di Polda Bengkulu.

Di bawah kepemimpinan Budi, Bareskrim juga menangani kasus yang menjerat aktivis antikorupsi, antara lain Denny Indrayana dan dua aktivis Indonesia Corruption Watch (ICW), Adnan Topan Husodo serta Emerson Yuntho.

Budi Waseso vs Buya Syafii

Proses hukum dua pimpinan KPK di Bareskrim Polri sempat diwarnai adu pendapat antara Budi dan mantan Ketua Umum Pengurus Pusat Muhammadiyah Ahmad Syafii Maarif, yang biasa disapa Buya Syafii. Buya menuding Budi telah melakukan kriminalisasi terhadap pimpinan KPK. Oleh sebab itu, ia layak dicopot.

Harapan agar Budi dicopot tak hanya sekali dilontarkan Buya. Ia kembali mengungkapkannya saat Bareskrim Polri menetapkan dua komisioner Komisi Yudisial Taufiqurrahman Syahuri dan Suparman Marzuki ditetapkan sebagai tersangka pencemaran nama baik hakim Sarpin Rizaldi.

Menanggapi pernyataan Buya, Budi mengatakan, "Beliau (Syafii) kan bukan orang bodoh. Dia pasti mengerti mana penegakan hukum yang benar. Apa kapasitasnya beliau? Enggak usahlah berkomentar dan mencampuri penegakan hukum kalau dia tidak mengerti penegakan hukum itu sendiri," ujar dia.

Kasus kondensat hingga sapi

Beberapa kasus yang diusut Bareskrim di bawah kepemimpinan Budi Waseso di antaranya dugaan korupsi penjualan kondensat, dugaan korupsi pengadaan uninterruptible power supply (UPS), dugaan penimbunan sapi, dan dugaan korupsi mobile crane di PT Pelindo II. Kasus-kasus tersebut diduga melibatkan sejumlah nama besar sehingga Bareskrim Polri menjadi sorotan saat memanggil dan memeriksa mereka.

Namun, Bareskrim dikritik karena dari sejumlah kasus yang ditangani itu, belum ada yang masuk ke pengadilan alias P-21, kecuali kasus UPS. Merespons kritik ini, Budi memastikan kasus-kasus itu tak ada yang mandek.

"Semua berjalan, tinggal menunggu saja. Jika ada kendala, bukan berarti berhenti semuanya kok. Yang penting kita berjalan apa adanya saja," ujar Budi.

LHKPN

Pernyataan kontroversial juga pernah dilontarkan Budi pada medio Mei 2015 saat laporan harta kekayaannya dipertanyakan. Budi tak memenuhi kewajibannya sebagai pejabat negara dalam hal pengisian laporan harta kekayaan penyelenggara negara (LHKPN) kepada KPK.