Agen K pun bertemu dengan Boris di atap restoran.

Agen J berhasil datang tepat waktu dan menyelamatkan Agen K dari serangan Boris.

Sebelum kabur, Boris menyebutkan bahwa saat ini Agen K 'sudah mati'.

Keesokan harinya, Agen J pergi ke apartemen Agen K untuk menjemputnya.

Apartemen yang seharusnya diisi oleh Agen K tiba-tiba sudah ditinggali oleh sebuah keluarga kecil yang tidak dikenal.

Bahkan semua agen MIB tidak ada yang mengingat sosok Agen K.

Agen J adalah satu-satunya orang yang dapat mengingatnya dan mencari seluruh informasi mengenai kejadian aneh ini.

Rasa cinta pada seorang sahabat kadang melebihi rasa cinta pada keluarga.

Hal itulah yang membuat Agen J nekad pergi ke masa lalu untuk mengubah takdir agen K.

Agen K tewas di tangan Boris the Animal.

Agen J meminta bantuan Jeffrey Price untuk mendapatkan alat menuju masa lalu.

Setelah ditemukan, akhirnya Agen J menyimpulkan bahwa telah ada seseorang yang pergi ke masa lalu dan membunuh Agen K sebelum dirinya bertemu dengan Agen J.

Agen J pun harus berpacu dengan waktu untuk mengembalikan timeline seperti semula dan menyelamatkan Bumi sekaligus Agen K sebelum dibunuh oleh Boris.

Ia kembali ke tahun 1969 dan bertemu dengan agen K muda.