Sejak masih mahasiswa Yunahar Ilyas sudah berkecimpung di organisasi Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (IMM).

Ia menjabat sebagai Ketua Umum Dewan Pimpinan Cabang (DPC) IMM Kota Padang periode 1977-1979.

Berlanjut menjadi Wakil Ketua Dewan Pimpinan Daerah (DPD) IMM Sumatera Barat 1978-1979.

Adapun rekam jejak studinya, Yunahar Ilyas menamatkan Sekolah Dasar (SD) tahun 1968 di SD Negeri Taluk I, Bukittinggi.

Lalu, Yunahar Ilyas menempuh Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) dua kali.

Pertama selama 4 tahun di Bukittinggi dan lulus tahun 1972.

Kedua selama 6 tahun di Padang dan lulus tahun 1974.

Kemudian, ia melanjutkan pendidikannya di Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Imam Bonjol Padang dan berhasil menjadi Sarjana Muda tahun 1978.

Lalu, Yunahar Ilyas berhasil menjadi Sarjana Lengkap atau disebut doktorandus (Drs) pada setahun kemudian yakni 1984.

Sebelumnya, Yunahar Ilyas pernah mengambil kuliah di luar negeri yakni Universitas Islam Imam Muhammad Ibnu Su’ud Riyadh, Saudi Arabia.

Ia pun berhasil menyelesaikan studinya tersebut di Fakultas Ushuluddin dan meraih gelar Lisance (Lc) pada tahun 1983.

Selanjutnya, Yunahar Ilyas meneruskan pascasarjana di Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta.

Ia pun berhasil meraih gelar Magister Agama Islam pada jurusan Aqidah dan Filsafat tahun 1996.

Kemudian pada 2004, Yunahar Ilyas kembali menyelesaikan studinya pada jenjang doktoral yakni Strata-3 (S-3) mengambil Ilmu Agama Islam.