Dalam kariernya di dunia militer, Djoko Santoso lebih sering ditugaskan pada bidang intelijen.

Pria kelahiran Solo ini diangkat sebagai Wakil Asisten Sosial Politik untuk Kaster sekaligus Kasospol ABRI pada 1998.

Pada 2000, Djoko Santoso diangkat sebagai Kepala Staf Kodam IV/Diponegoro dan setahun kemudian dipercaya menduduki jabatan Panglima Divisi II/Kostrad.

Kemudian Djoko Santoso menjabat sebagai Panglima Kodam (Pangdam) XVII/Pattimura pada 2002.

Saat bertugas sebagai Pangdam XVII/Pattimua, Djoko Santoso berhasil menangani kerusuhan di Maluku.

Baca: Jenazah Mantan Panglima TNI Djoko Santoso Disemayamkan di Kediaman Pribadi

Selain bertugas sebagai Pangdam Pattimura, Djoko Santoso juga sebagai Panglima Komando Operasi Pemulihan Keamanan (Pangkoopslihkam) pada 2002-2003.

Seiring berjalannya waktu, karier Djoko Santoso di dunia militer semakin melejit.

Pada 2003, Djoko Santoso diangkat sebagai Panglima Kodam Jaya, kemudian di tahun yang sama diangkat sebagai Wakil Kepala Staf TNI Angkatan Darat (KSAD).

Dikutip dari tni.mil.id, pada 25 Februari 2005 Djoko Santoso menjabat sebagai Kepala Staf TNI Angkatan Darat (KSAD) menggantikan Ryamizard Ryacudu.

Selain itu, Djoko Santoso pernah bertugas dalam Operasi Seroja pada 1976, 1981, dan 1988.

Puncak karier Djoko Santoso terjadi pada 2010.

Ia diangkat oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono sebagai Panglima TNI.

Djoko Santoso menjabat sebagai Panglima Tentara Nasional Indonesia untuk periode 2007-2010 menggantikan Marsekal TNI Djoko Suyanto yang memasuki masa purna tugas.

Serah terima jabatan Panglima TNI berlangsung di Markas Besar TNI, Cilangkap, Jakarta Timur.