Kritik yang ia berikan juga terkait dengan pembubaran Front Pembela Islam (FPI) oleh pemerintah.

Fahri menyebut seharusnya ada ruang dialog terbuka yang disediakan oleh pemerintah tentang pembubaran FPI.

"Pak Prof @mohmahfudmd yth, seperti bapak, Hampir semua yang berdiri di samping dan belakang bapak saat mengumumkan Sebuah organisasi massa sebagai organisasi terlarang adalah para doktor dan guru besar. Sebuah pertanda bahwa keputusan ini adalah karya orang2 pintar. Tapi.."

"Tapi, Sayang sekali, kalimat bapak di depan para jurnalis adalah “demikianlah keputusan pemerintah, silahkan disiarkan, dan tidak ada tanya jawab”. Sayang sekali, orang2 pintar itu tidak membuka ruang diskusi. Seolah kami semua sebagai rakyat pasti mengerti."

Adanya hal tersebut,  Fahri menganggap kekuasaan lebih penting dari ilmu pengetahuan.

Bahkan dirinya pun memberikan kesan, ilmu yang memiliki masa depan, sedangkan kekuasaan tidak pernah bertahan.
 
"Seharusnya dialog adalah jalan kita," tulisnya.

Baca juga: Cerita Anaknya Terhindar dari Miras, Warga Petamburan III: FPI Seperti Orang Tua Kita

Baca juga: Keputusan Larang Kegiatan FPI Dinilai Berpotensi Mendiskriminasi dan Langgar Hak Berserikat

Menurut Fahri Hamzah, mengambil dialog keterbukaan dan demokrasi sebagai jalan adalah karena menurutnya keluasaan selalu menyimpang.

"Ini pengalaman bangsa kita, pengalaman agama dan juga pengalaman ummat manusia. Apakah bapak belum paham?"

Fahri Hamzah meminta agar Mahfud MD memberikan pengertian kepada masyarakat bahwa ilmu lebih penting dari kekuasaan.

Efeknya, lanjut Fahri, agar ada kerukunan yang hadir dari ketenangan jiwa para pemimpin yang arif bijaksana.

"Jangan biarkan suasana jiwa yang gusar penuh dendam menyebar. Jangan!"

Terakhir, Fahri pun mengaku banyak yang ingin dia sampaikan kepada sang menteri yang dianggapnya sebagai kawan lama.

Dia juga menyisipkan doa serta harapan untuk bangsa Indonesia.

FPI Dibubarkan