Setahun kemudian, suami dari Roma Megawanti Pasaribu tersebut dipercaya menjadi Wakasat Serse Polresta Surabaya Timur pada 1988, lalu Kanit Interkrim Sat IPP Polwiltabes Surabaya tahun 1990, dan Kasat Intelpam Polres Mojokerto pada 1992.

Setelah lama bertugas di Jawa Timur, Paulus Waterpauw akhirnya dipindah ke Kalimantan Tengah menjabat sebagai Kasat Ops Puskodalops Polda Kalteng pada 1997.

Setahun kemudian, ia menjadi Paban Muda Pada Paban IV/Kam Sintel Polri.

Akhirnya ia pun banyak bertugas di wilayah Polda Metro Jaya.

Pada tahun 2000, ia dipercaya menjadi Kapolsek Metro Menteng, Jakarta Pusat.

Masih pada tahun yang sama, ia kemudian dipercaya menjadi Kapuskodal Ops Polres Jakarta Pusat, lalu Wakapolres Tangerang pada 2001.

Karirnya kian moncer, pada 2006 Paulus Waterpauw dipercaya menjadi Dir Reskrim Polda Papua.

Kemudian pada 2009, ia kembali ke Jakarta menjadi penyidik utama TK II Dit III/Kor dan WWC Bareskrim Polri.

Setahun kemudian, ia kembali menjalani pendidikan dan selesai pada 2010.

Setelahnya, pria yang memiliki tiga anak tersebut dipercaya menjadi Wakapolda Papua pada 2011.

Lalu berturut-turut menjadi Kapolda Papua Barat pada 2014, Kapolda Papua pada 2015, dan akhirnya kembali bertugas di Jakarta menjadi Wakabaintelkam Polri pada 2017.

Tidak lama menjadi Wakabaintelkam, masih pada tahun yang sama ia dipercaya menjadi Kapolda Sumatra Utara.

Kemudian ia kembali ke Jakarta menjadi Tenaga Ahli Bidang Hukum dan HAM Lemhannas RI pada 2018.

Ia kemudian menjadi Analis Kebijakan Utama bidang Sespimti Sespim Lemdiklat Polri pada 2018 sampai akhirnya kembali ditugaskan menjadi Kapolda Papua pada 2019.

Kini pria yang mengenyam pendidikan kejuruan di bidang intel tersebut dipercaya Kapolri Jenderal Listyo Sigit Prabowo menjadi Kabaintelkam Polri.