Pada 19 Desember 1948, Yogyakarta jatuh ke tangan Belanda.

Presiden Soekarno menyelamatkan Bendera sang Saka Merah Putih dan mempercayakan kepada ajudan Presiden Husein Mutahar.

Husein Mutahar mengungsi dengan membawa bendera tersebut.

Untuk alasan keamanan dari penyitaan Belanda, Husein Mutahar melepaskan benang jahitan untuk memisahkan bagian merah dan putih.

Kemudian membawa masing-masing bagian dalam dua tas terpisah.

Pada Juni 1949, Presiden Soekarno meminta kembali bendera pusaka dari Husein Mutahar.

Husein Mutahar menjahit kembali bagian merah dan bagian putih yang terpisah.

Bendera Sang Saka Merah Putih disamarkan dengan bungkusan koran.

Lalu diserahkan kepada Soejono untuk dikembalikan kepada Presiden Soekarno di Bangka.

Pada 6 Juli 1949, Presiden Soekarno bersama Bendera Pusaka sang Saka Merah Putih tiba dengan selamat di ibu kota Republik Indonesia di Yogyakarta.

Pada 17 Agustus 1949, bendera pusaka kembali dikibarkan di halaman depan Gedung Agung Yogyakarta.

Pada 28 Desember 1949, sehari setelah penandatanganan pengakuan kedaulatan Republik Indonesia oleh Belanda di Den Haag, bendera pusaka disimpan di dalam sebuah peti berukir untuk diterbangkan dari Yogyakarta ke Jakarta dengan pesawat Garuda Indonesia Airways.

Sejak 1958, berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 40 tentang Bendera Kebangsaan Republik Indonesia, Bendera Merah Putih pertama ditetapkan sebagai Bendera Pusaka.

Setiap tahun, Bendera sang Saka Merah Putih dikibarkan hanya pada 17 Agustus saja.