- Jaringan Ulama, terbit tahun 1994

- Pergolakan Poitik Islam, terbit tahun 1996

- Islam Reformis, terbit tahun 1999

- Konteks Berteologi di Indonesia, terbit tahun 1999

Baca juga: Ahmad Basarah: Kehadiran BPIP di BRIN Pastikan Pancasila Jadi Sumber Riset dan Inovasi

Baca juga: Ketua Dewan Pengarah BRIN Dirangkap Dewan Pengarah BPIP Bukan Praktik Baru dalam Ketatanegaraan

- Menuju Masyarakat Madani, terbit tahun 1999

- Islam Nusantara: Jaringan Global dan Lokal (2002)

- Surau: Pendidikan Islam Tradisional dalam Transisi dan Modernisasi (2003)

- Disertasi doktor berjudul “The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian ‘Ulama in the Seventeenth and Eighteenth Centuries’”, pada tahun 2004 sesudah direvisi diterbitkan secara simultan di Canberra (Allen Unwin dan AAAS), di Honolulu (Hawaii University Press), dan di Leiden Negeri Belanda (KITLV Press).

- Indonesia Bertahan (DARI MENDIRIKAN NEGARA HINGGA MERAYAKAN DEMOKRASI) 2020

Azyumardi pernah pula menjadi profesor tamu pada Universitas Filipina dan Universitas Malaya, Malaysia, keduanya pada tahun 1997.

Selain itu, dia adalah anggota dari Selection Committee of Southeast Asian Regional Exchange Program (SEASREP) yang diorganisir oleh Toyota Foundation dan Japan Center, Tokyo, Jepang antara tahun 1997-1999.

Sederet pernhargaan pun pernah didapatkan Azyumardi.

Termasuk memperoleh titel Commander of the Order of British Empire, sebuah gelar kehormatan dari Kerajaan Inggris dan menjadi 'Sir' pertama dari Indonesia.

Pelantikan Ketua Dewan Pengarah BRIN Sesuai Kaidah Hukum