Ia juga mendapatkan beasiswa Columbia President Fellowship dari kampus yang sama, tetapi kali ini Azyumardi pindah ke Departemen Sejarah, dan meraih gelar MA keduanya pada 1989.

Pada 1992, ia menambah gelar Master of Philosophy (MPhil) dari Departemen Sejarah, Columbia University tahun 1990, dan Doctor of Philosophy Degree dengan disertasi berjudul "The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian ‘Ulama in the Seventeenth and Eighteenth Centuries."

Kembali ke Jakarta, pada tahun 1993 Azyumardi mendirikan sekaligus menjadi Pemimpin Redaksi Studia Islamika, sebuah jurnal Indonesia untuk studi Islam.

Sebelumnya, ia pernah menjadi wartawan Panji Masyarakat (1979 - 1985).

Pada tahun 1994 - 1995, Prof Azra mengunjungi Southeast Asian Studies pada Oxford Centre for Islamic Studies, Oxford University, Inggris, sambil mengajar sebagai dosen pada St. Anthony College.

Pakar demokrasi dan Islam ini juga pernah menjadi professor tamu pada Universitas Filipina dan Universitas Malaya, Malaysia, pada tahun 1997.

Prof. Azra juga merupakan anggota Selection Committee of Southeast Asian Regional Exchange Program (SEASREP) yang diorganisir oleh Toyota Foundation dan Japan Center, Tokyo, Jepang antara tahun 1997 dan 1999.

Sejak Desember 2006, ia menjabat Direktur Pascasarjana UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta.

Sebelumnya sejak tahun 1998 hingga akhir 2006 adalah Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Dosen Fakultas Adab dan Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah, Jakarta (1992 - sekarang), Guru Besar Sejarah Fakultas Adab IAIN Jakarta, dan Pembantu Rektor I IAIN Syarif Hidayatullah, Jakarta (1998).

Prof. Azra merupakan orang Asia Tenggara pertama yang diangkat sebagai Professor Fellow di Universitas Melbourne, Australia (2004 - 2009), dan anggota Dewan Penyantun (Board of Trustees) International Islamic University Islamabad Pakistan (2004 - 2009).

Ia juga masih menjadi salah satu anggota Teman Serikat Kemitraan bagi Pembaruan Tata Pemerintahan. (*)

Artikel ini telah tayang di TribunPadang.com dengan judul Ketua PWNU Sumbar: Prof Dr Azyumardi Azra Pembaharu Pendidikan yang Berwawasan Islam