Abdul Mu'ti kemudian melanjutkan pendidikannya  ke Madrasah Tsanawiyah Negeri Kudus dan lulus 1983. 

Berikutnya, Abdul Mu'ti mendapatkan pendidikan menengah atas di Madrasah Aliyah Negeri Purwodadi Filial Kudus dan tamat tahun 1986.

Abdul Mu'ti selanjutnya melanjutkan pendidikan ke Fakultas Tarbiyah di IAIN Walisongo, Semarang, setelah dirinya menyelesaikan pendidikan menengah.

Pria kelahiran Kudus ini meraih gelar Sarjana Pendidikan pada tahun 1991 dengan fokus pada pendidikan agama. 

Guna mengembangkan pengetahuannya lebih lanjut, Abdul Mu'ti melanjutkan studi ke luar negeri, tepatnya di Flinders University of South Australia, Adelaide, pada tahun 1997.

Di situlah Abdul Mu'ti mempelajari pendidikan dan pengembangan profesional.

Bukan hanya itu saja,, Abdul Mu'ti pun turut mengikuti program Short Course on Governance and Shariah di University of Birmingham, Inggris, pada tahun 2005. 

Abdul Mu'ti menyelesaikan pendidikan pascasarjananya di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, pada ada tahun 2008 di mana Abdul Mu'ti menggali lebih dalam tentang pendidikan agama dan kebijakan publik.

Sebagai pengakuan atas kontribusinya di bidang pendidikan, pada 2 September 2020, Abdul Mu'ti dikukuhkan sebagai Guru Besar ke-1050 di UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta. 

Pengukuhan ini menandai puncak dari perjalanan pendidikannya yang telah dibangun melalui dedikasi dan komitmen dalam dunia pendidikan dan pengembangan masyarakat. 

Abdul Mu'ti dikenal sebagai sosok yang tidak hanya berfokus pada aspek akademis, tetapi juga berkontribusi secara aktif dalam berbagai kegiatan sosial dan keagamaan, memperlihatkan integrasi antara pendidikan dan praktik dalam masyarakat.

Berikut adalah rincian pendidikan yang pernah ditempuh oleh Prof. Dr. Abdul Mu'ti M.Ed. :

Madrasah Ibtidaiyah Manafiul Ulum, Kudus (1980)

Madrasah Tsanawiyah Negeri Kudus (1983)