Bahkan Cak Nun sebelumnya menjadi satu dari empat tokoh dalam perumusan empat prosedur turunnya Soeharto di tengah gelombang besar desakan rakyat saat itu.

Cak Nun dan Lengsernya Soeharto

Mengutip CakNun.com dalam artikel berjudul Memproses Presiden Soeharto Lengser, diceritakan bahwa Cak Nun berperan penting menjelang Soeharto lengser.

Bersama Cak Nur, Malik Fajar, Oetomo Danandjaya, dan Drajat, Cak Nun merumuskan empat prosedur turunnya Soeharto dari pemerintahan.

Kala itu pada 16 Mei malam, para tokoh itu rapat merumuskan empat prosedur turunnya Soeharto dengan pertimbangan empat prosedur ini dapat meminimalisasi korban, terutama di pihak rakyat dan mahasiswa, serta efektif secara kenegaraan.

Kemudian esoknya pada 17 Mei 1998, Cak Nun bersama empat tokoh tersebut menggelar konferensi pers di Hotel Wisata Jakarta untuk menyampaikan dan meminta agar Soeharto segera turun dari jabatan.

18 Mei 1998, di luar dugaan, atas permintaan Cak Nun dan empat tokoh ini, Mensekneg Saadillah Mursyid mau dan memberanikan diri untuk menyampaikan usulan serta mekanisme lengser yang telah dirumuskan tadi.

Ternyata Soeharto menyatakan bersedia dan setuju, tetapi meminta ditemani dalam proses turun dari jabatan Presiden. Ini adalah satu tahap krusial yang telah terlampaui dengan baik.

Pada 18 Mei itu, pukul 20.00 WIB, Soeharto menelepon Cak Nun dan Cak Nur.

“Mohon kita ketemu besok untuk menyiapkan agar lengsernya saya tidak menimbulkan guncangan dan korban," tulis ucapan Soeharto dalam artikel itu.

Tanggal 19 Mei pagi hari mereka bertemu di Istana.

Soeharto minta 5 orang ini dilengkapi menjadi 9 orang dari para sesepuh, termasuk KH Ali Yafie dan Gus Dur.

Cak Nun dan Cak Nur diceritakan meneguhkan saran agar Soeharto turun dari jabatan Presiden.

Soeharto tertawa lebar ketika Cak Nun berempati dengan mengemukakan, “Pak Harto tidak jadi Presiden kan “ora pathèken”. Wong sudah 32 tahun menjabat."