Kesatria Templar ingin menghilangkan kekerasan menggunakan kode apple sebagai pengendali kehendak bebas manusia.

Callum adalah keturunan Aguilar, yang merupakan orang terakhir pemilik apple.

Sofia anak dari Alan, berencana menggunakan Callum untuk penelitianya demi menghidupkan kembali memori genetik Aguliar.

Callum dipakaikan alat modern yang dapat membuatnya kembali ke masa lalu, hasil ciptaan Sofia.

Perusahaan milik ayah Sofia ingin mempelajari apa yang telah dilakukan dengan apple.

Callum diperintahkan untuk menyelamatkan putra dari Sultan Muhammad XII, yaitu Pangeran Ahmed yang diculik oleh Templar.

Tomas de Torquemada memaksa ayah Pangeran Ahmed, Sultan Muhammad XII untuk menyerahkan apple.

Aguilar dan Mary mencoba menahan para kesatria Templar, namun tertangkap pihak Torquemada yang diwakili Ojeda.

Callum kemudian dibebaskan dari Animus oleh Sofia, dan berhasil bertemu assassins lain yang menaruh curiga pada motif Calum.

Aquilar dan Mary dijatuhi eksekusi namun berhasil melarikan diri, melalui Assassins Leap of Faith.

Cal akhirnya bertemu Joseph dan mendapat penjelasan, mengenai efek pendarahan yang dialami Cal memungkinkanya memiliki kemampuan tempur layaknya Aguilar.

Callum mengetahui ibunya sebagai seorang assassins dan lebih memilih mati di tangan ayahnya, Joseph, daripada masuk ke animus.

Dia juga bersumpah untuk menghancurkan assassin, setelah mendapatkan apple.

Callum berhasil memasuki Animus di mana Aguilar dan Mary siap menyergap pertemuan antara Muhammad dan Torquemada.