Dalam undian untuk play-off babak sistem gugur, delapan runner-up grup akan diunggulkan, dan delapan tim peringkat ketiga grup Liga Champions tidak akan diunggulkan.

Tim unggulan akan diundi melawan tim yang tidak diunggulkan, dengan tim unggulan akan menjadi tuan rumah leg kedua.

Dalam undian babak 16 besar, delapan tim juara grup akan diunggulkan, dan delapan pemenang babak play-off tidak akan diunggulkan.

Sekali lagi, tim unggulan akan diundi melawan tim yang tidak diunggulkan, dengan tim unggulan akan menjadi tuan rumah leg kedua.

Tim dari satu negara tidak akan berhadapan satu sama lain.

Di klasemen sementara Arsenal masih menempati puncak klasemen grup A dengan 12 poin. Diikuti oleh PSV Enindhoves (10 poin), Bodo/Glimt (4 poin), dan Zurich (3 poin).

Fenerbahce menempati peringkat teratas di grup B. Klub asal asal Turki itu meraih 11 poin. Sama dengan poin yang dikumpulkan Rennes yang kalah selisih gol +3 sedangkan Fenerbahce +4.
Posisi mereka diikuti oleh AEK Lamaca (4 poin), dan Dynamo Kiev (1 poin).

Real Betis di pucuk klasemen grup C dengan 13 poin. Diikuti oleh Braga (7 poin), Union Berlin (7 poin), dan Malmo FF (1 poin).

Di Grup D, Union Saint-Gilloise menempati puncak klasemen dengan 13 poin, Union Berlin di peringkat 2 dengan 9 poin, Braga di peringkat 3 dengan 7 poin, dan Malmo FF di peringkat 4 dengan 0 poin.

Real Sociedad memastikan diri lolos babak knocklout Liga Eropa setelah merebut 15 poin, mereka ada di puncak klasemen grup E. Manchester United di peringkat kedua dengan 12 poin.

Sheriff Tiraspol di peringkat 3 dengan 3 poin, sedangkan Omonia di peringkat keempat dengan 0 poin.

Grup F menjadi grup yang paling seru persaingannya karena keempat tim sama-sama bersaing ketat.
Lazio dan Sturm Graz sama-sama mengumpulkan 8 poin di peringkat 1 dan 2, sedangkan Feyenord dan Midtylland di peringkat 3 dan 4 dengan sama-sama merebut 5 poin dalam 5 pertandingan.

Klub asal Jerman, SC Freiburg di puncak klasemen grup G dengan 13 poin. Dikuti tim dari Azerbaijan Qarabağ dengan 7 poin, Nantes 6 poin, dan Olympiacos 2 poin.

Ferencváros menempat peringkat teratas di grup H dengan 10 poin. Diikuti Monaco dengan 7 poin.