Pada tahun selanjutnya, jabatan Ketum PSSI diambil alih oleh Azwar Anas.

Namun, posisi Nugraha Besoes tak tergantikan.

Nugraha Besoes melanjutkan masa jabatannya hingga tahun 1999.

Setelah itu, Nugraha Besoes sempat melepas jabatannya di era kepemimpinan Agum Gumelar pada tahun 1999 hingga 2003. 

Namun, ia kembali terpilih menjadi Sekjen PSSI pada tahun 2003 saat ketua umum dijabat oleh Nurdin Halid. 

Kala itu, posisi Besoes bertahan hingga tahun 2011.

Sehingga secara total, Besoes telah memegang jabatan sebagai sekjen PSSI selama 28 tahun.

Nugaraha Besoes Mengundurkan Diri Tahun 2011

Pada tahun 2011, Agum Gumelar mengumumkan Nugraha Besoes secara resmi keluar dari kepengurusan PSSI.

"Sesuai misi ke tiga dari FIFA, untuk mengambil alih kepengurusan harian PSSI."

"Hari ini surat keputusan pemberhentian saudara Nugraha Besoes, atas surat pengunduran dirinya, saya tandatangani," ujar Gumelar di kantor PSSI, Senin (11/4/2011).

Saat itu jabatan Sekjen PSSI dilimpahkan kepada salah seorang anggota komite, Joko Driyono.

Agum Gumelar juga mengangkat Johan Arifin sebagai wakil yang membantu Joko Driyono.

Adapun surat penandatanganan pemberhentian Nugraha Besoes tersebut adalah jawaban dari pengajuan pengunduran diri Nugraha Besoes. 

Nugraha Besoes sempat melayangkan surat pengunduran diri kepada Komite Normalisasi.

Sehingga, pemberhentian pada Besoes bukan pemberhentian secara paksa. 

"Tidak ada pecat-pecatan. Beliau kan sudah lama berkiprah di PSSI. Jadi harus kita apresiasi itu," ujar Agum Gumelar.

(Tribunnews.com/Milani Resti/Alie Usman) (BolaSport.com/Arif Setiawan)