Dijelaskan oleh Kamali Anwar, pada saat itu khutbah Jumat di Masjid Besar Mataram disampaikan dalam bahasa arab, dengan materi yang seperti sudah dibukukan dan dibacakan berulang-ulang.

Akibatnya, banyak pihak merasa khotbah Jumat ini tidak membawa kemajuan bagi umat saat itu, selain itu khatib berada di mimbar yang ditutupi kain putih sehingga tidak terdengar oleh jama'ah yang berada di luar Masjid.

Untuk itu beberapa tokoh Muhammadiyah mengusulkan agar mimbar dipindah lebih ke tengah dekat dengan serambi masjid, dan dibuatlah mimbar tersebut.

Belakangan hal ini ditentang oleh abdi dalem, sehingga kemudian mimbar ini dipindahkan ke Masjid Perak.

Masjid Perak Kotagede mengalami renovasi total setelah musibah gempa bumi yang melanda Yogyakarta 2006.

Pada saat itu masjid mengalami kerusakan walaupun tidak sampai roboh tetapi mengalami kerusakan yang cukup parah.

Dengan pertimbangan untuk memperbaiki konstruksi bangunan agar lebih aman dan tahan gempa sekaligus menambahkan beberapa fasilitas baru untuk mendukung fungsi masjid, maka masjid tersebut direnovasi total.

“Pada tahun 2009 masjid ini dirobohkan dan dibangun ulang. Walaupun dibangun ulang bangunan baru Masjid Perak masih mempertahankan beberapa ciri khas lamanya, diantaranya adalah ruang tengah dan serambi depan hingga kuncung masjid masih seperti aslinya, penggunaan tiang soko guru lengkap dengan plakat bertuliskan tahun berdiri, serta mimbar utama yang masih tetap digunakan hingga kini,” terang Kamali Anwar.(*)