Tahap kedua atau pada 2025–2028, diarahkan fokusnya pada pemindahan ASN, pembangunan gedung legislatif dan yudikatif, infrastruktur konektivitas, ruang terbuka hijau, penataan kawasan Sepaku, serta investasi pendidikan.

Dari sisi pendanaan, pembangunan IKN tak hanya mengandalkan APBN, tetapi juga dari investasi swasta.

Hingga September 2025, realisasi investasi swasta non-APBN telah mencapai Rp 65,3 triliun dari 49 pelaku usaha (52 perjanjian kerja sama).