Tsunami 10 cm dilaporkan terlihat di pelabuhan Niigata tepat setelah tengah malam.
Namun Badan Meteorologi kemudian melepaskan peringatan dini tsunami untuk ketiga prefektur pada pukul 1:02 Rabu pagi.
Kota Murakami di Prefektur Niigata, yang mengalami tingkat 6 intensitas gempa, mendirikan 10 pusat evakuasi.
"Itu adalah guncangan yang tidak pernah saya rasakan dalam hidup saya," kata seorang pejabat kota yang berada di rumah tidur dengan anaknya saat itu.
"Awalnya ada guncangan vertikal yang mendorong saya ke atas, kemudian saya terus merasa sentakan itu berlangsung sekitar satu menit," katanya.
Gempa tersebut merupakan gempa paling kuat di Jepang sejak 6 September lalu, ketika sebuah gempa mematikan dengan skala 7 SR mengguncang kota Atsuma di Hokkaido.
Gempa kuat Selasa kemarin juga menghantam Tsuruoka di Prefektur Yamagata dengan magnitudo 6.
Magnitudo yang lebih rendah, yaitu 5 tercatat di Yurihonjo, Prefektur Akita, di Sakata, Prefektur Yamagata dan di Nagaoka dan Kashiwazaki di Prefektur Niigata.
Baca: Ketegaran Agung Hercules Berjuang Melawan Kanker Otak, Didoakan Ustaz di Kamar Rumah Sakit
Tohoku Electric Power Co. mengatakan sekitar 5.000 rumah tangga mengalami pemadaman listrik di Prefektur Yamagata dan 2.800 rumah tangga di Niigata pada 11:50 malam.
Beberapa jalan raya dan jalan di prefektur Yamagata dan Niigata ditutup karena bebatuan yang jatuh.
Sekretariat Otoritas Peraturan Nuklir mengatakan tidak ada kelainan yang dilaporkan di kompleks nuklir Kashiwazaki-Kariwa yang dijalankan oleh Tokyo Electric Power Company Holdings Inc.
Tujuh unit komplek itu dalam posisi idle (berhenti) sejak Maret 2012.
Kepala Sekretaris Kabinet Yoshihide Suga mengatakan lewat konferensi pers bahwa tidak ada masalah di salah satu pembangkit nuklir di Jepang.