Namun Khamenei tidak memberikan rincian tentang negara mana yang dimaksudnya.
Ibadah Jumat itu pun dipenuhi ratusan ribu jemaah yang ingin mendengarkan khotbah yang langka.
Massa tumpah hingga ke jalan-jalan ibu kota Teheran.
Hadir pula Presiden Hassan Rouhani di barisan depan bersama pembicara parlemen Ali Larijani.
Terakhir kali Khamenei memimpin shalat Jumat adalah pada 2012 untuk menandai peringatan 33 tahun Revolusi Islam.
Ia juga pernah memimpin doa pada 2009 di tengah protes atas pemilihan presiden yang kontroversial.
Selama beberapa hari terakhir, siaran radio dan televisi Iran mendorong orang-orang untuk ikut beribadah.
Undangan sholat Jumat itu dilakukan setelah adanya aksi protes warga yang meminta pertanggung jawaban pemerintah Iran atas tertembaknya pesawat komersil Ukraine Airlines.
Militer Iran awalnya menyangkal telah menembak pesawat itu.
Namu akhirnya Iran mengakui kesalahannya itu dengan berkata insiden terjadi karena human error.
Khamenei menyatakan belasungkawa kepada keluarga para korban.
Namun ia berkata media asing telah mencoba menipu Iran atas kecelakaan itu.
"Musuh kita mencoba memanipulasi kecelakaan pesawat untuk menutupi keberhasilan kita," ucapnya.
"Peristiwa yang terjadi setelah kecelakaan tidak boleh diulangi lagi," tambah Khamenei.