Pada tahun 1986, ia ditunjuk untuk memimpin proyek jet IAI Lavi. Setelah proyek tersebut dibatalkan karena tekanan Amerika, Halutz diangkat sebagai komandan pangkalan udara Hatzor pada tahun 1991.

Pada tahun 1993, ia dipromosikan menjadi brigadir jenderal dan diangkat menjadi kepala kelompok udara. Pada tahun 1995, ia diangkat menjadi Kepala Staf Angkatan Udara.

Pada tahun 1998, ia dipromosikan menjadi mayor jenderal dan pada tahun 1999 diangkat sebagai kepala Sayap Operasi di Staf Umum IDF.

Pada tahun 2000, Halutz diangkat menjadi komandan Angkatan Udara Israel.

Menjabat dalam posisi ini, Halutz menerapkan perubahan yang membuatnya mendapatkan apresiasi dan rasa hormat dari para perwira dan pilotnya.

Selama masa jabatan Halutz, Israel membeli jet tempur F-15E dan F-16, yang mampu melakukan pengeboman strategis dalam segala kondisi cuaca.

Halutz juga memperluas penggunaan drone UAV ke berbagai misi sebagai alat pengintaian dan pengintaian yang efektif.

Dia memimpin IAF selama Intifada Al-Aqsa, di mana dia diakui oleh para ahli dan bawahannya sebagai pemimpin yang inovatif dan karismatik.

Selama masa jabatannya, IAF mengambil bagian dalam beberapa operasi 'pembunuhan yang ditargetkan' terhadap para pemimpin militan Palestina.

Reformasi utama Halutz di Angkatan Udara adalah pengetatan kerja sama dengan angkatan darat dan Shin Bet, penggunaan drone UAV secara besar-besaran, peningkatan kemampuan serangan presisi pada helikopter tempur dan jet, serta penurunan tajam angka kecelakaan dan kegagalan di udara.

Pada masa Halutz, hanya sedikit kecelakaan yang terjadi, tidak ada satupun yang berakibat fatal. Selain itu, ia memegang rekor 2,5 tahun berturut-turut tanpa kecelakaan sama sekali.

Pada tahun 2004, ia diangkat menjadi wakil kepala staf.

Pada tanggal 23 Februari 2005, Menteri Pertahanan Israel Shaul Mofaz mengumumkan bahwa Halutz akan menjadi kepala staf IDF berikutnya.

Pada tanggal 1 Juni 2005, Halutz secara resmi diangkat menjadi kepala staf Angkatan Pertahanan Israel kedelapan belas dan dianugerahi pangkat Rav-Aluf (letnan jenderal).