Orang tuanya awalnya tinggal di tempat yang sekarang bernama Ashkelon sebelum pengusiran dan pelarian Palestina tahun 1948 , yang terjadi selama Perang Arab-Israel 1948.
Di masa mudanya, ia bekerja di Israel untuk menghidupi keluarganya.
Ia bersekolah di sekolah yang dikelola Perserikatan Bangsa-Bangsa dan lulus dari Universitas Islam Gaza dengan gelar sastra Arab pada tahun 1987.
Saat di universitas, ia terlibat dengan Hamas .
Dari tahun 1985 hingga 1986, ia menjadi ketua dewan mahasiswa yang mewakili Ikhwanul Muslimin .
Bermain Sepak Bola Sebagai Gelandang di Tim Sepak Bola Gaza
Ia juga bermain sebagai gelandang di tim sepak bola Asosiasi Islam.
Ia lulus sekitar waktu yang sama ketika Intifada Pertama melawan pendudukan Israel pecah, di mana ia berpartisipasi dalam protes terhadap Israel.
Aktivisme awal, Bolak-balik Dipenjara oleh Israel
Haniyeh berpartisipasi dalam protes Intifada Pertama dan dijatuhi hukuman penjara singkat oleh pengadilan militer Israel.
Dia ditahan oleh Israel lagi pada tahun 1988 dan dipenjara selama enam bulan.
Pada tahun 1989, dia dipenjara selama tiga tahun.
Setelah dibebaskan pada tahun 1992, otoritas militer Israel di wilayah Palestina yang diduduki mendeportasinya ke Lebanon bersama para pemimpin senior Hamas Abdel-Aziz al-Rantissi , Mahmoud Zahhar , Aziz Duwaik , dan 400 aktivis lainnya.
Para aktivis tersebut tinggal di Marj al-Zahour di Lebanon selatan selama lebih dari setahun, di mana, menurut BBC News , Hamas "menerima paparan media yang belum pernah terjadi sebelumnya dan dikenal di seluruh dunia".
Setahun kemudian, ia kembali ke Gaza dan diangkat menjadi dekan Universitas Islam.