Sejumlah posisi strategis juga sempat diembannya.

Seperti Kapolres Barelang, Dirreskrimum Polda DIY, hingga dua kali memegang posisi Wakapolda yakni Wakapolda Sulawesi Utara dan Wakapolda DIY dengan pangkat Brigjen.

Pada 14 April 2020, pangkatnya naik satu tingkat lebih tinggi seiring penunjukkan dirinya sebagai Deputi Penindakan KPK.

Nama Karyoto sendiri sejatinya pernah muncul dalam dugaan kriminalisasi terhadap Komisioner KPK Abraham Samad dan Bambang Widjojanto alias BW pada 13 Januari 2015.

Momen tersebut terjadi tak lama setelah komisi antirasuah mengumumkan penetapan tersangka kepada Budi Gunawan, yang kala itu menjadi calon tunggal Kapolri dalam kasus rekening gendut.

Saat konflik tersebut meruncing, Karyoto masih menjabat Direktur Reserse Umum Polda DIY berpangkat Komisaris Besar (Kombes).

Karyoto yang pernah bertugas di KPK itu juga sempat mendatangi bekas kantornya pada awal Februari 2015.

Ia mengantarkan surat dari Bareskrim Polri berisi panggilan pemeriksaan terhadap sejumlah pejabat struktural di KPK.

Polisi juga meminta berkas sejumlah kasus korupsi yang tengah disidik KPK.

Kala itu, Bareskrim sedang menggarap perkara pemberian keterangan palsu di Mahkamah Konstitusi dengan tersangka Bambang Widjojanto.

Di awal masa kepemimpinan Agus Rahardjo cs, Karyoto juga sempat mendaftar jadi Direktur Monitor KPK.

Namun, pencalonan tersebut ditentang kalangan internal KPK.

Salah satu alasannya, Karyoto sempat masuk radar Kuningan (lokasi kantor KPK) dalam perseteruan KPK dan Polri dalam kasus Budi Gunawan.

Alhasil, Karyoto pun gagal dalam seleksi ini.