Karirnya semakin moncer setelah dirinya dipercaya menjadi Kepala Dinas Olahraga dan Pemuda DKI Jakarta pada 2009 dan menamatkan pendidikan S3 di Universitas Padjajaran Bandung.
Ia kemudian diangkat menjadi Wali Kota Jakarta Pusat pada 2010 hingga 2014.
Sampai akhirnya ia dipercaya menjadi Sekretaris Daerah Provinsi DKI Jakarta pada 11 Juli 2014.
Ia dilantik menjadi Sekda DKI Jakarta oleh Plt Gubernur DKI Jakarta saat itu, Basuki Tjahaja Purnama (Ahok) karena Gubernur DKI Jakarta saat itu Joko Widodo maju dalam Pilpres 2014.
Terpapar Covid
Saefullah sebelumnya mengumumkan ada 7 pejabat Pemprov DKI Jakarta yang terinfeksi Virus Corona atau Covid-19
Mereka di antaranya Asisten Pemerintah Setda Provinsi DKI Jakarta Reswan W Soewaryo; Kepala Biro Pemerintahan Setda Provinsi DKI Jakarta Premi Lesari; Kepala Biro Pendidikan Mental dan Spiritual Provinsi DKI Jakarta Hendra Hidayat.
Baca: Ikut Tangani Klaster Ponpes, Sekda Banyuwangi Kini Positif Covid-19, Bupati Anas Angkat Bicara
Kemudian Kepala Dinas Pertamanan dan Hutan Kota Provinsi DKI Jakarta Suzy Marsitawati; Direktur Utama PD Pasar Jaya Arief Nasruddin; Kepala Biro Penataan Kota dan Lingkungan Hidup Afan Adriansyah Idris, dan Ketua TGUPP Amin Subekti.
"Dari tes swab itu, sejumlah pejabat hasil tesnya positif. Mereka yang diduga positif Covid-19," kata Saefullah dalam keterangannya, Kamis (27/8/2020).
Belakangan, September 2020, Gubernur DKI Jakarta Anies Baswedan mengonfirmasi jumlah pejabat di lingkungan Pemprov DKI yang terpapar Covid-29 bertambah dua orang menjadi sembilan orang.
Baca: Sekda DKI Saefullah Meninggal Dunia, Berikut Daftar Pejabat DKI yang Positif Covid-19
Mereka adalah Sekda DKI Jakarta Saefullah dan Wali Kota Jakarta Barat Uus Kuswanto.
Menurut Anies, keduanya tergolong orang tanpa gejala.
"Kita berharap mudah-mudahan cepat pulih gitu aja. Tapi (Sekda DKI dan Wali Kota Jakarta Barat) tanpa gejala," ucap Anies, Sabtu (12/9/2020).
Kemudian, kondisi kesehatan Saefullah mulai menurun sehingga dia harus dirawat di Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat (RSPAD) Gatot Soebroto.