Ia kemudian melanjutkan studi di IAIN/UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta dan mendapatkan gelar magister (1992) serta doktor, dengan predikat terbaik (1998).
Dirinya menulis disertasi tentang Perspektif Gender dalam Alquran, dan dinobatkan sebagai alumni terbaik oleh UIN Syarif Hidayatullah.
Selama studi menuju doktor, ia sempat menjadi salah satu mahasiswa tamu di Universitas McGill, Montreal, Kanada (1993-1994), Universitas Leiden, Belanda (1994-1995), dan Université Sorbonne (1995).
Setelah meraih gelar doktor, ia pernah menjadi sarjana tamu di Shopia University, Tokyo (2001), School of Oriental and African Studies, University of London (2001-2002), Georgetown University, Washington DC (2003-2004) dan di Université Sorbonne Nouvelle-Paris III.
Baca: MUI Akan Gelar Munas Cari Pengganti Maruf Amin, Peserta Harus Swab-PCR Covid-19
Riwayat Karier
Dikutip dari TribunnewsWiki.com, inilah riwayat karier Nasaruddin Umar:
Dewan Pendiri dan pengurus Masyarakat Dialaog natar Ummat Beragama (MADIA) Jakarta, 1983
Sekretaris Umum Lembaga Studi Islam dan Kemasyarakatan (LSIK), Jakarta, 1992
Wakil Ketua wakaf yayasan Paramadina, Jakarta, 1999
Ketua Yayasan Panca Dian Kasih, Jakarta, 2001
Guru Besar UIN Syarif Hidayatullah, 2002
Sekretaris Dewan Pembina PB As’adiyah
Mustasyar Pengurus Besar Nahdlatul 'Ulama (PBNU) 2015-2020
Wakil Ketua Dewan Pertimbangan Majelis Ulama Indonesia 2015-2020