Makassar, Sungguminasa, Takalar, dan Maros
Selain bisa menggunakan transportasi darat, masyarakat juga diizinkan bepergian naik kereta api di wilayah tertentu seperti layanan KRL Commuter di Jabodetabek.
Untuk cakupan wilayah aglomerasi perjalanan kereta api lebih sedikit jika dibandingkan wilayah yang ditetapkan pada transportasi darat.
Pengoperasian perjalanan kereta api hanya berlaku pada empat wilayah aglomerasi, yaitu:
Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, Bekasi (termasuk Cikarang), dan Rangkasbitung
Padalarang, Bandung, dan Cicalengka
Kutoarjo, Yogyakarta, dan Solo
Lamongan, Surabaya, Sidoarjo, Bangil, Pasuruan, Mojokerto, dan Gresik.