Di IKIP Malang, Lulus menjadi Sarjana Pendidikan Sosial tahun 1982.
Baca juga: Jokowi Tunjuk Muhadjir Effendy Jadi Plt Menpora Gantikan Zainudin Amali
Tidak puas, Muhadjir Effendy kemudian melanjutkan jenjang pendidikannya yang lebih tinggi di Universitas Gadjah Mada (UGM) Yogyakarta pada Program Magister atau Strata Dua (S2) Administrasi Publik (MAP) dan lulus tahun 1996.
Hingga akhirnya ia masuk Program Doktor atau Strata Tiga (S3) Ilmu-Ilmu Sosial, Pascasarjana Universitas Airlangga (Unair) Surabaya.
Tahun 1993, Muhadjir Effendy mengikuti Visiting Program, Regional Security and Defense Policy, National Defense University, Washington D.C. Amerika Serikat.
Lalu mengikuti kursus jangka panjang Manajemen Pendidikan Tinggi di Universitas Negeri Vancouver, Mumbai, India.
Pengalaman pendidikannya juga disertai dengan pengalaman oraganisasi yang aktif.
Tahun 1975-1980, ia menjadi anggota Tapak Suci Putra Muhammadiyah.
Ia juga mengetuai beberapa organisasi sekolahnya.
Yakni sebagai Ketua Pelajar Islam Indonesia (PII) Daerah Malang tahun 1978, Ketua Bidang Pendidikan Komite Nasional Pemuda Indonesia (KNPI) Kodya Malang tahun 1978-1983, Ketua Umum Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) Cabang Malang 1980.
Baca juga: Zainudin Amali Resmi Mundur, Muhadjir Effendy Jabat Plt Menpora
Saat 1984-1989 ia menjadi Ketua Bidang Cendekiawan Dewan Perwakilan Daerah (DPD) Golkar Malang dan Ketua Team Pembinaan Mahasiswa Perguruan Tinggi Muhammadiyah, Majelis Pendidikan Tinggi Penelitian dan Pengembangan (Diktilitbang) PP Muhammadiyah tahun 1986-1994.
Tahun 1995-2000, Muhadjir Effendy menjadi Wakil Ketua Badan Pendidikan Kader atau Pembina Angkatan Muda Muhammadiyah (BPK/P-AMM) PP Muhammadiyah.
Lalu menjadi Ketua BPK/P-AMM Wilayah Jawa Timur 1997-2001 dan Wakil Ketua Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur 2000-2005.
Tahun 2005-2009, ia menjadi Ketua Bidang Kemahasiswaan Badan Kerjasama Perguruan Tinggi Islam Swasta Se-Indonesia (BKS-PTIS).
Pada saat yang sama, 2005 - 2010, ia menjadi Wakil Ketua Pimpinan Muhammadiyah Wilayah Jawa Timur dan Ketua Litbang Tapak Suci Putra Muhammadiyah pada 2006 - 2011.
Anggota Badan Pelaksana Harian Pendidikan Ulama Tarjih Muhammadiyah (PUTM) PP Muhammadiyah tahun 2006 - 2011.